質問
プロパティマネージャーでカスタム作成したプロパティ値を、出力するIFCに持たせるにはどのような設定をしたらよいでしょうか？
手順
こちらの記事方法のように（IFCプロパティとしてスキームに追加して出力）、新しくルールを作成することで各プロパティ指定して出力ができます。
・ARCHICADのビルディングマテリアルをIFCプロパティとして出力する方法 – GRAPHISOFTナレッジセンター
親要素（IfcElementなど）に割り当てられているプロパティデータは、
その全ての子要素（IfcBeam、IfcColumn、IfcSlab、IfcWallなど）に自動的に割り当てられます。
・Archicad 29 ヘルプ IFCエクスポートのプロパティマッピング
まとめて設定ということですと、IfcElement、IfcBuilding Elementの親に割り当てると、下要素にも表示されます。
ルールを作成して出力をお試しください。
マッピング後は各要素でチェックボックスのついている状態だと、IFC情報に出力されます。